restriksiyon enzim fragmentlerine ait kolleksiyon-
daki bir veya iki ilgili DNA'y> çok büyük bir sevi-
yede tesbit etmeye ve araflt>rmaya imkan sa¤lar.
Çift iplikli DNA fragmentleri, ilk önce iki komple-
menter DNA ipliklerini ay>rt etmek için kuvvetli
bir baz ile denatüre edilir (fiekil 4-6). fiimdi tek
zincirli halde bulunan DNA molekülleri, daha son-
ra jelden bir nitroselüloz veya naylon filtre ka¤>d>
parças>na emdirme ve kapillerite vas>tas>yla trans-
fer edilir (Bundan dolay> Southern blot veya Southen
transfer ad>n> al>r.).
için özel iflaretlenmifl bir prob kullan>l>r. Daha önce
de belirtildi¤i gibi bu prob, genellikle radyoaktif ola-
rak iflaretlenmifl, klonlanm>fl bir DNA parças>d>r ve
kendi kendine tek zincirli hale denatüre olabilir.
rinin uygun formasyonunu sa¤layan flartlar alt>nda
solüsyon içinde inkübe edilir (fiekil 4-6'daki gibi).
DNA'daki baz eflleflmesinin özgüllü¤ünden dolay>
prob, filtredeki tüm di¤er DNA'lara de¤il, yanl>zca
filtrede kendisinin komplementeri olan zincire ba¤-
lan>r ve kararl> hidrojen ba¤lar> oluflturur. E¤er pro-
bun kendisi klonlanm>fl genomik DNA'n>n bir parça-
s> ise, prob, genellikle filtredeki bir veya iki fragment
ki genin veya genlerin kullan>lan özel restriksiyon
enzim ile nas>l kesildi¤ine ba¤l>d>r. E¤er prob, klon-
lanm>fl bir cDNA ise, bir çok fragment ile hibridize
olabilir, çünkü, genomik DNA, genellikle intronlar>n
varl>¤>n>n bir sonucu olarak bir genin mRNA transk-
ripti ile birlikte bulunmamaktad>r (Bkz., Bölüm 3).
Ba¤lanmam>fl olan probun uzaklaflt>r>lmas> için filt-
re y>kand>ktan sonra (Radyoaktif prob ba¤l> bulun-
maktad>r.), probun hibridize oldu¤u bir veya daha
fazla fragmentin pozisyonlar>n> aç>¤a ç>karmak ama-
c>yla, röntgen filminin pozlanmas>na maruz b>rak>-
l>r. Böylece fiekil 4-8'de sa¤da görüldü¤ü gibi, özgül
radyoaktif bantlar, orjinal agaroz jel üzerindeki in-
san DNA's>n>n her bir fleridi için röntgen filmi üze-
rinde gözlenmektedir. Bu örnekte, Southern blot
tekni¤i göstermektedir ki, erkek cinsiyet karakterle-
rinden sorumlu olan (Bkz., Bölüm 10) X geçiflli and-
rojen duyars>zl>k sendromu (testiküler feminizasyon
olarakta bilinir)'na sahip bir hastadan al>nan geno-
mik DNA örne¤inde bulunmamaktad>r. Southern
blot bir çok genetik hastal>¤>n teflhisi için dünyadaki
bütün moleküler tan> laboratuvarlar>nda standart
bir ifllem halini alm>flt>r, fakat giderek PCR'a dayal>
metodlar ile yer de¤ifltirmektedir.
baz> vakalar>nda bulundu¤u bilindi¤i zaman, bir has-
tadan al>nan DNA örne¤inde bu mutasyonun bulu-
nup bulunmad>¤>n> anlamak için, bu analiz kullan>-
labilir. Belirli bir tek baz mutasyonunun saptanabil-
mesi için kullan>lan en iyi prob, sentetik oligonükle-
otidlerdir. Çünkü, daha k>sa uzunlukta olufllar>, on-
lar> prob ile analiz edilen örnek aras>nda tek bir baz
çifti uyuflmazl>¤>na bile çok daha duyarl> hale getir-
mektedir. Böylece, bir gendeki normal DNA dizisine
tamamen efl olarak sentezlenen bir oligonükleotid
probu (bir a
def ve prob aras>nda bir veya daha fazla benzersizlik
bulunan tam olmayan bir komplementer diziye hibri-
dize olmaz (fiekil 4-9). Benzer flekilde, mutant bir ge-
ne karfl>l>k gelen diziye göre haz>rlanm>fl bir ASO,
yanl>zca mutant komplementer diziye hibridize olur,
normal bir gendeki diziye hibridize olmaz.
lamak önemlidir. Klonlanm>fl DNA problar>n>n kul-
lan>ld>¤> vakalarda bu analiz genellikle tek baz de¤i-
flikliklerini aç>¤a ç>karmamaktad>r; flans eseri, bu
tek baz de¤iflikli¤i, prob için komplementer olan böl-
genin yak>n>ndaki bir bir restriksiyon enzim bölgesi-
ni yok ediyor veya oluflturuyor ise, farkl> boyutlarda-
ki fragmentler bu prob ile belirlenebilir.Vakalar>n
büyük ço¤unlu¤unda, DNA'daki tek baz de¤ifliklikle-
yon enzimi ile kesilip, elektroforezden sonra bu DNA bir flo-
resan DNA boyas> (örne¤in etidyum bromür) ile boyand>¤>
zaman, tüm örnekler ayn> görünür (sol). Southern blot'tan
ve X'e ba¤l> insan androjen reseptör geni için cDNA probu
ile hibridizasyondan sonra androjen duyarl>l>k sendromlu
bireylerde bu genin delete oldu¤u görülebilir. Androjen du-
yarl> bireyler 46,XY karyotipine sahiptirler, fakat fenotipik
olarak diflidirler (fiekil R. Lafreniene, Stanford University
izniyle al>nm>flt>r.).