background image
fi
fie
ek
kiill 4
4 ­
­ 5
5..
Bir plazmid vektörde cDNA
kütüphanesinin oluflturulmas>. Belirli
doku kaynaklar>ndan al>nan RNA, re-
vers transkriptaz enzimi ile DNA'ya çev-
rilir. Komplementer ikinci zincirin sente-
zinden sonra çift iplikli cDNA klonlan>r.
tercih edilmektedir. (1) Çünkü, elde edilen klon,
genomik DNA'larda bulunan intron veya kodlama-
yan dizileri içermediklerinden, kodlayan dizileri
direkt olarak temsil etmektedir. (2) Çünkü, özel
bir mRNA kayna¤>n>n kullan>lmas>, s>kl>kla, bu
dokuda selektif olarak eksprese oldu¤unu bildi¤i-
miz genden türemifl olan dizileri zenginlefltirmek-
tedir. Örne¤in,
-globin geni, bir insan genomik
kütüphanesinin yanl>zca milyonda birlik bir bölü-
münde temsil edilmifltir, fakat k>rm>z> kan hücre-
lerinde ise majör bir mRNA transkriptidir. Böyle-
ce k>rm>z> kan hücrelerinden haz>rlanan bir cDNA
kütüphanesi, globin gen cDNA'lar>n> izole etmek
için mükemmel bir klonlama kayna¤> oluflturmak-
tad>r. Benzer flekilde, bir karaci¤er veya kas cDNA
kütüphanesi, tercihen veya genifl oranda bu doku-
larda eksprese oldu¤u bilinen genler için iyi bir
klonlar kayna¤>d>r. Bir cDNA, bir genin intronlar>
veya promotor dizileri d>fl>nda yanl>zca ekzonlar>-
n> içerir. Buna ek olarak, bir cDNA, ekzonlar>n sa-
y>s> veya büyüklü¤ü veya 5' ve 3' kesim bölgeleri-
nin dizileri için hiçbir belirti sa¤lamaz.
cDNA'lar> klonlamak için bir çok metod geliflti-
rilmifltir ve hepsi de ""rre
ev
ve
errss ttrra
an
nssk
krriip
ptta
az
z"" enzimine
dayanmaktad>r, bu enzim bir RNA kal>b>ndan
cDNA zinciri sentezleyebilen Retroviruslardan izo-
le edilmifl RNA ba¤>ml> bir DNA polimerazd>r (fie-
kil 4-5). Revers transkriptaz, DNA sentezini baflla-
tabilmek için bir primere ihtiyaç duymaktad>r. Ge-
nellikle timinlerden oluflan bir oligonükleotid (oli-
go-dT) kullan>l>r; bu, k>sa homopolimer mRNA mo-
leküllerinin 3' uçundaki poli A kuyru¤una ba¤lan>r
ve bir komplementer kopyan>n sentezini bafllat>r.
Bu tek zincirli cDNA, bir kaç metodtan biri ile bir
çift iplikli moleküle çevrilir ve bu çift iplikli cDNA
daha sonra bafllang>ç hücre tipine veya dokuda bu-
lunan bütün orjinal mRNA transkriptini temsil
edecek olan bir cDNA kütüphanesini meydana ge-
tirmek için uygun vektöre, genellikle bir plazmid
veya bakteriyofaja tak>labilir (fiekil 4-5).
E
Ek
kssp
prre
essy
yo
on
n v
ve
ek
kttö
örrlle
errii olarak adland>r>lan baz>
çok iyi düzenlenmifl vektörler,
E. coli veya mayada
klonlanan cDNA'n>n kodlad>¤> proteinin ekspres-
yonunu kolaylaflt>rmak için, cDNA'n>n tak>ld>¤>
bölgenin yak>n>nda transkripsiyon ve translasyon
sinyalleri içerir.
Farkl> dokulara veya farkl> geliflim zamanlar>-
na ait cDNA kütüphaneleri, gen klonlanmas> için
de¤erli kaynaklard>r. Bu gibi kütüphanelerin yüz-
lercesi flimdi yayg>n olarak kullan>lmaktad>r ve
olan E
Ek
kssp
prre
esse
e
o
olla
an
n d
diiz
zii ((E
ES
ST
T)) iiflfla
arre
ettlle
erriin
niin
n analizi için büyük ve-
ri tabanlar>n> oluflturmada bu klonlar kullan>l-
maktad>r (Bkz., Bölüm 8).
Nükleik Asit Problar>
Birkere bir kütüphane oluflturulunca bir sonraki
basamak, di¤er fragmentleri tafl>yan milyonlarca
klon içersinden ilgilenilen bir diziyi tafl>yan klo-
nun seçilmesidir. yan
klonun seçilmesi, k
üttü
üp
ph
ha
an
ne
e tta
arra
am
ma
ass>> olarak ad-
land>r>l>r. Kütüphane taramas> genellikle, mole-
küler genetikte n
ük
klle
eiik
k a
assiitt h
hiib
brriid
diiz
za
assy
yo
on
nu
u olarak
bilinen ve yayg>n olarak kullan>lan bir teknikle
yap>l>r. Bir hibridizasyon reaksiyonunda, tek zin-
cirli nükleik asitler, DNA zincirleri aras>nda yan-
l>zca do¤ru baz eflleflmesine izin verecek flekilde (A
THOMPSON & THOMPSON TIBB< GENET
4
40
0