background image
ran bir gen) ve yabanc> DNA moleküllerinin ligas-
yonu için bir veya daha fazla restriksiyon bölgesi
içermelidir. Bir plazmidin
EcoRI bölgesi içersine
yabanc> DNA'n>n klonlanmas>nda yer alan önemli
basamaklar>n flematik bir çizimi flekil 4-2'de göste-
rilmifltir. yan
kolonilerin seçilmesi, (Bunu çok miktarda ço¤alt-
ma ve saf plazmid DNA's>n>n izolasyonu takip e-
der.) klonlanan "insert" çok miktarda izolasyonu-
na olanak sa¤lamaktad>r. Plazmidlere klonlama,
k>sa DNA moleküllerinin analizi için gerekli olan
bir ifllemdir (Tablo 4-2).
B
AKTER
L
AMBDA
Yayg>n olarak kullan>lan di¤er bir vektör ise, göre-
celi olarak büyük (yaklafl>k 45 kb) çift iplikli DNA
molekülü bulunan bir bakteri virusu olan bakteri-
yofaj lambdad>r.
E. coli'nin ço¤almas> s>ras>nda,
lambda çok say>da infeksiyoz viruslar oluflturmak
için replike olur, sonunda bu flekilde enfekte olmufl
bakteri hücresini öldürür ve bir milyon ya da ona
yak>n miktarda bakteriyofaj serbest kal>r. Büyü-
me ve liziz için bakteriyofaj genomunun yaklafl>k
üçte biri gerekli de¤ildir (fiekil 4-3'te internal seg-
mentler iflaret edilmifltir.) ve bunlar, di¤er DNA
dizileri ile yer de¤ifltirebilir Lambda faj>, insan
DNA s>n>n 20 kb kadar bir bölümünün klonlanma-
s> için oldukça uygundur.
K
OZM
B
AKTER<
Y
APAY
K
ROMOZOMLARI
Standart plazmidlerin vektör olarak kullan>lma-
s>ndaki zorluklardan biri, bakteri içine aktar>la-
cak olan rekombinant DNA'n>n 20 kb'dan büyük
olmas> durumunda sistemin kullan>fll> olmamas>-
d>r. Bu kullan>fls>z durumun üstesinden gelmek
için, kozmid vektörler gelifltirilmifltir. Kozmidler
esas olarak bakteriyofaj lambda enfeksiyöz parti-
külleri özelli¤ini kullanan, büyük lineer DNA par-
çac>klar>n> protein k>l>flar içine paketleyen ve bak-
terilerin yüzeyine yap>flarak DNA içeriklerini en-
jekte eden plazmidlerdir. Bu sistemin k>s>tlay>c>
yönü, bakteriyofaj kromozomu 50 kb boyutunu afl>-
yor ise, lambda kozmid içine DNA'y> paketleye-
mez. Lambda virüsüne benzer bir flekilde, bakteri
enfekte edilir, kozmid tekrar çembersel flekil al>r
ve büyük bir plazmid olarak replike olur. Yabanc>
DNA fragmentleri, lambda faj>n>n 2 kat> büyüklü-
¤ünde kozmid vektörlerde klonlanabilir.
1990'l> y>llar>n sonlar>na do¤ru, teknolojideki
geliflme sayesinde, kozmidlerden daha büyük DNA
fragmentleri bakteri içinde klonlanabilir hale gel-
mifltir. Bu tip büyük plazmidlere bakteri yapay
kromozomlar ad> verildi (BACs). BAC'lar, 100 ile
300 kb büyüklü¤ündeki insan DNA fragmentlerini
tafl>yabilir.
Kozmid vektörler veya BAC vektörlerinin klon-
lamada kullan>m>, esas olarak, flekil 4-2'de göste-
rildi¤i gibi plazmidlerle ayn>d>r. Plazmidlerin, koz-
3
37
7
*Tüm tan>ma dizileri Bam HI'de görüldü¤ü gibi 5'
3' yönünde verilmifltir. Herbir zincirdeki kesim böl-
geleri küçük ok iflareti ile gösterilmifltir.
T
TA
AB
BL
LO
O 4
4--1
1
R
Re
essttrriik
kssiiy
yo
on
n e
en
nz
ziim
m ö
örrn
ne
ek
klle
errii v
ve
e tta
an
n>>d
d>>k
klla
arr>> d
diiz
ziille
err
R
Re
essttrriik
kssiiy
yo
on
n E
En
nz
ziim
mlle
err
K
Ka
ay
yn
na
ak
k
T
Ta
an
n>>m
ma
a d
diiz
ziille
errii*
*
BamHI
Bacillus amyloliquefaciens H
5'-G^GATC C-3'
3'-C CTAG^G-5'
EcoRI
Escherichia coli RY 13
G^AATT C
C TTAA^G
HaeIII
Haemopbilus aegyptius
GG^CC
CC^GG
HindIII
Haemopbilus influenzae R
d
A^AGCT^A
T TCGA^A
NotI
Nocardia otitidis-cavarium
GC^GGCC GC
CG CCGG^GG
Sau3A
Stapbylococcus aureus 3A
^GATC
CTAG
SstII
Streptomyces stanford
CC GC^GG
GG^CG CC
T
TA
AB
BL
LO
O 4
4--2
2
M
Mo
olle
ek
ülle
err k
kllo
on
nlla
am
ma
ad
da
a y
ya
ay
yg
g>>n
n o
olla
arra
ak
k k
ku
ulllla
an
n>>lla
an
n v
ve
ek
kttö
örr ö
örrn
ne
ek
klle
errii
V
Ve
ek
kttö
örr
K
Ko
on
na
ak
kcc>>
D
DN
NA
A ttiip
pii
K
Kllo
on
nlla
an
na
ab
biille
en
n ffrra
ag
gm
me
en
ntt
b
üy
ük
kllü
ü¤
¤ü
ü
Plazmidler
Bakteri, maya
Genomik, cDNA
15 kb
Bakteriyofaj lambda
Bakteri
Genomik, cDNA
20 kb
Kozmid
Bakteri
Genomik
45 kb
BAC'lar
Bakteri
Genomik
100-300 kb
YAC'lar
Maya
Genomik
100-2000 kb
BAC= Bakteri Yapay Kromozomlar>; YAC= Maya Yapay Kromozomlar>